《游戏王》变成小众的原因主要有以下几点：

实体卡牌的局限性

线下交互对决：实体卡牌强调线下交互对决，但现代社会中，人们很难抽出时间去进行面对面的卡牌对战，除非是参加特定的比赛。

组卡成本高：收集一套完整的《游戏王》实体卡牌需要相当高的经济投入，这对于大多数人来说是一笔不小的开销。

入门门槛高

规则复杂：《游戏王》的规则相对复杂，尤其是随着动画每一部推出新的卡牌和召唤方式（如同调、超量等），这增加了新玩家的入门难度。

更新频繁：动画和游戏内容的不断更新，使得玩家需要不断学习和适应新的规则，这也限制了一部分潜在玩家的加入。

市场竞争

其他卡牌游戏的冲击：与《炉石传说》等现代网络卡牌游戏相比，《游戏王》在市场上的影响力逐渐减弱。网络游戏的便捷性和广泛的用户基础使得《游戏王》难以吸引大量新玩家。

动漫和游戏内容的断层

主线故事断层：《游戏王》的漫画和动画主线故事存在断层，导致粉丝兴趣下降，进而影响到游戏的热度和玩家基础。

动漫质量下降：随着后续动漫作品的质量参差不齐，难以吸引新观众，也使得老粉丝逐渐流失。

国内环境

卡店稀少：国内的《游戏王》卡店主要集中在一线城市，三四线城市很难找到稳定的打牌环境。

盗版问题：过去国内盗版卡横行，虽然现在正版意识有所增强，但盗版卡仍然对正版市场造成了一定的冲击。

综上所述，《游戏王》之所以变成小众，主要是由于实体卡牌的局限性、高入门门槛、市场竞争激烈、动漫和游戏内容的断层以及国内环境等多方面因素共同作用的结果。