软件预算的审计是一个复杂的过程，涉及多个环节和步骤。以下是一些关键的审计方法和建议：

跟踪采购过程

采用“拨洋葱”模式，从最终用户开始，一级级追踪软件采购链条，直到最终开发企业的销售价格，以确定软件的实际价格。

关注软件实施过程中的转包分包情况，分析转包分包单价，审查软件价格是否虚高。

审查合同执行

审查软件开发或采购合同执行中的变更情况，确保合同条款的合规性和执行的准确性。

审查《工程承包合同》和《工程分包合同》，确保合同双方具有法人资格和相应的履约能力，内容合规完整。

预算编制审计

审查预算编制的合法性，确保预算编制原则、程序、方法、预算调整、经济责任制等相关管理活动的合法性、适当性和有效性。

审查预算编制的依据是否充分，内容是否完整，预算定额是否合理。

大数据分析

以财政审计为源头，获取财政财务数据，进行大数据分析，确认资金流向，形成审计主链条。

通过横向和纵向对比，确认问题单位涉及广度和深度，进行多单位测试，判断个性问题是否也存在隐蔽的共性情况。

内控制度审查

审查是否建立了工程预算管理、合同管理、工资管理、成本管理、设备材料管理、安全质量管理、财务管理、分包工程管理等一系列管理制度，各项制度是否完善、严密。

预算执行审计

在预算内部控制测评的基础上，对预算管理、收入预算执行、支出预算执行等进行的审查和评价。

关注预算管理中的风险领域，确保预算执行的合规性和有效性。

其他审计方法

采用比较估算法和自下而上估算法进行软件系统预算评估，确保项目能够在预定时间和成本范围内完成。

通过上述方法，审计人员可以全面审查软件预算的合理性、合规性和有效性，确保项目成本控制在预算范围内，防止资金浪费和虚高定价。建议在审计过程中，结合具体项目的实际情况，灵活运用多种审计方法，以提高审计的准确性和效率。