暗游戏输给游戏的原因主要可以归纳为以下几点：

自信过度导致轻敌：

在最后一次与武藤游戏的对决中，暗游戏因为过于自信，认为自己的三神在手，天下我有，结果被拉菲鲁狠狠羞辱，最终导致失败。

王牌被破解，无牌可打：

在法老王的决斗中，暗游戏的王牌三幻神（黑魔导师徒）被游戏破解，甚至连死者苏生也被游戏封印，导致暗游戏卡组中已经没有卡能够战胜沉默的魔法使，最终不得不选择输掉决斗。

战略选择：

在某些情况下，暗游戏可能出于战略考虑选择故意输掉决斗。例如，在法老王的决斗中，暗游戏可能认为与其做最后的挣扎，不如直接输掉，输也要输得潇洒，这才是法老王的作风。

对手的实力提升：

虽然暗游戏在前期实力占优，但随着武藤游戏的实力不断提升，最终成功打败了暗游戏，并将他的灵魂回归到了冥界。

综上所述，暗游戏输给游戏的原因主要包括自信过度、王牌被破解、战略选择以及对手实力提升等因素。