在山西申请软件著作权的流程如下：

填写申请表

在中国版权保护中心网站上进行用户注册，并登录。

在线按要求填写软件著作权登记申请表，并确认、提交和打印。

准备材料

提供软件的基本信息采集表。

提供软件的电子版源程序（前2000行和后2000行，共计4000行，最后一页为软件退出部分代码）。

提供软件使用操作手册或软件设计说明书。

提供申请人身份证明和相关的证明文件。

盖章及快递

将需要盖章的材料发给申请者，申请者盖章签字后快递至指定的服务公司。

报送审查

服务公司收到材料后，整理打印并装订，送中国版权保护中心初审。

版权中心复审

初审通过后，审查31-35个工作日，约45-50天左右出审查结果并公告。

公告发证

公告后发放软件著作权证书，服务公司收到证书后扫描给申请者确认。

确认付款

申请者确认后支付全部费用，财务核实后会快递证书原件和全额发票。

建议

选择可靠的服务公司：由于申请过程涉及多个环节和材料，建议选择有经验和专业性的服务公司协助办理，以确保申请过程顺利且材料齐全。

保持沟通：在申请过程中，保持与申请公司和版权保护中心的沟通，及时补充或修改所需材料，避免因材料问题导致申请延误。

注意时间：软件著作权申请和审查过程可能需要一定时间，建议提前规划并预留足够的时间以应对可能的延误。