一、高分辨质谱（HRMS）与代谢物分析

SIRIUS

基于Java开发，支持MS/MS数据解析，通过分子网络GNPS辅助进行代谢物从头识别。

提供干涉条纹分析（CSI:FingerID）和化合物类别预测（CANOPUS）等高级功能。

MaSSiQue

专注于代谢组学数据解析，整合了质谱数据与生物信息学工具，支持多组学数据关联分析。

二、质谱校准与分子式鉴定

MassWorks 7.0

支持GC/MS和LC/MS数据，通过精确质量数测定和同位素峰型校正，可对未知物进行高精度鉴定。

提供二聚体、三聚体等多聚体分析功能。

AutoID™

全自动质谱校正和分子式识别软件，首次实现单四极杆质谱的精确质量数和分子式检测。

三、辅助工具与资源

精确分子量计算工具

独立于质谱软件，支持批量计算分子量，可校正H的相对原子质量至1.5。

在线数据库与工具

NIST Chemistry WebBook：

免费提供物质属性、质谱数据及晶体结构信息。

Spectra Online：集成光谱分析、数据库检索及计算化学工具。

四、其他推荐

MSWorx：商业软件，支持多平台，提供数据管理、校准及报告生成功能。

OpenMS：开源平台，适合学术研究，包含数据导入、处理及可视化工具。

选择建议

若侧重代谢物鉴定，优先考虑SIRIUS或MaSSiQue；

若需高精度质量数分析，MassWorks 7.0是理想选择；

实验室预算有限时可尝试OpenMS，功能全面且免费。