分子结构仿真软件种类繁多，涵盖了从基本的化学结构绘制到复杂的材料建模和量子力学计算等多个领域。以下是一些主要的分子结构仿真软件：

ChemDraw：

由PerkinElmer公司（原CambridgeSoft公司）开发，是一款专业的化学结构绘制软件。它提供了全面的化学结构绘制工具，适用于化学家、生物学家、药物研发者以及相关学科的学生。ChemDraw还能够绘制和编辑复杂的化学结构、反应式和生物通路图等。

Chem3D：

也是由PerkinElmer公司（原CambridgeSoft公司）开发的分子结构仿真软件。它提供了工作站级的3D分子轮廓图及分子轨道特性分析，并且能够与多种量子化学软件结合使用，成为分子仿真分析的最佳前端开发环境。

Materials Studio：

由BIOVIA公司开发，是一款用于材料建模和仿真的软件。它广泛应用于生物仿真分析中，提供了一系列工具和功能，包括分子动力学（MD）、蒙特卡洛（MC）模拟和量子力学（QM）计算等，用于研究材料的微观结构和性质。

NAMD （NAnoscale Molecular Dynamics）：是一款用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD使用经验力场，如Amber、CHARMM和Dreiding，通过数值求解运动方程计算原子轨迹。它适用于模拟蛋白质、核酸、细胞膜等体系，并且支持几千个CPU运算。

SPONGE：

这是北京大学/深圳湾实验室高毅勤研究团队开发的开源通用分子模拟软件框架。它布局了大数据和深度学习等人工智能技术，力求成为在算力时代引领技术变革的下一代分子模拟软件平台。

HyperChem：

通过量子化学的半经验方法、从头算方法、密度泛函方法进行计算，进行单点能、几何优化、分子轨道分析、蒙特卡罗和分子力学计算、预测可见-紫外光谱等功能。它分为多个版本，其中ChemOffice Ultra版本包含了ChemDraw Ultra、Chem3D ultra和ChemFinder Pro等工具。

这些软件各有特点，适用于不同的研究领域和需求。选择合适的分子结构仿真软件，可以大大提高研究和开发的效率。