游戏王日版之所以存在，主要是因为以下几个原因：

制造厂商的不同：

日版是由日本厂商印刷的，而港版和国行则是由韩国厂商印刷的。日本厂商在印刷质量上相对较好，尤其是对于SER碎纹理的处理，日版采用的是竖着印刷，而港版和国行则是横着印刷。

质量和画质：

由于日本厂商的印刷工艺问题（实际上就是多印了一层膜，质量更好），日版在质量和画质上相对较好。具体表现为日版的SER、UTR、HR在质量和画质上都会相对更好，而港版和国行的同类产品在质量和画质上相对较差。

价格差异：

由于日版在质量和画质上的优势，其价格通常会比港版和国行更高。然而，在罕贵低的闪卡上，日版的价格可能会高于国行和港版。此外，港版由于材料问题（回收纸），手感较软，而日版则使用更好的纸张。

市场需求：

游戏王日版之所以受欢迎，还因为很多玩家对日版卡牌有更高的收藏价值和更好的保值能力。特别是对于某些稀有和昂贵的闪卡，日版的价格可能会高于国行和港版。

历史原因：

游戏王日版还存在的一个历史原因是，之前的复刻盒子都是由日本厂商出产，导致SER纹路都是日碎，这也影响了日版卡牌在复刻后的保值能力。

综上所述，游戏王日版之所以存在，主要是因为其印刷质量高、市场需求大以及历史原因。对于游戏王玩家来说，选择日版还是港版，主要取决于个人对收藏价值和保值能力的考量。