软件出口的运输方式主要有以下几种：

海关通关方式

对于有载体的软件，出口企业需要在海关办理出口报关手续，出示《软件出口合同登记证书》、合同正本及其他相关报关单证。

网上传输方式

通过互联网或局域网将软件传输到目的地。这种方式不需要物理载体，软件可以直接通过网络发送。

物理媒介传输

将软件保存在光盘、U盘或移动硬盘等物理媒介上，然后通过快递或邮寄的方式将软件送达目的地。这种方式适用于网络传输不可行或不安全的情况，但需要注意保护软件免受损坏或丢失。

云服务

利用云服务提供商的存储和传输解决方案，将软件安全地传输和存储到目标地点。云服务可以提供高效且安全的软件运输和存储解决方案。

建议

明确运输方式：在软件出口合同中应明确采取哪种运输方式，是海关通关方式还是网上传输方式，或者结合使用多种方式。

确保安全性：无论采用哪种运输方式，都应采取必要的安全措施，如加密技术，以防止软件在传输过程中被篡改或丢失。

选择可靠的服务提供商：如果使用物理媒介或云服务，应选择有良好信誉和服务质量的服务提供商，以确保软件的顺利运输和存储。

通过以上方式，软件出口企业可以确保软件在运输过程中的安全、稳定和高效。