要使用Fuji NXT贴片机编程Nexim软件来设定整个工厂的生产线，您可以按照以下步骤操作：

系统布局

设定生产所需的环境，包括工厂和生产线的布局规划。

创建工厂

在构成要素区域上选择Factory图标，拖放到生产线构成创建区域上，以创建新工厂。

如果需要变更工厂名称，可以在属性区域的工厂名内重写名称。

保存创建的工厂时，选择构成要素区域下部的指令标签页，然后单击更新图标。

创建生产线构成

在生产线构成创建区域上选择要添加的工厂的标签页。

在属性区域中设置工厂的相关属性，如工厂名。

保存变更的工厂时，同样选择指令标签页，然后单击更新图标。

显示系统布局画面

通过上述步骤，您可以查看和编辑系统布局画面，确保生产线构成正确无误。

通过以上步骤，您可以使用Nexim软件来设定和管理Fuji NXT贴片机的生产线，包括工厂和生产线构成、程序编制、参数设置、生产调度以及故障监控等综合性过程。