IRIS游戏共有四条主线剧情，分别是M4线、Sop线、MP5线和G3线。

M4线：

主要描写了主角与一位性格冷静、聪明的少女之间的恋爱故事。这条线以其丰富的人物塑造和情感描写著称，同时也包含了一些意想不到的转折。

Sop线：

主角在这条线中努力寻找自己的人格，过程中犯下了不可挽回的罪行，但最终在失去记忆的情况下找到了新的自我，并对团长的爱依旧不变。

MP5线：

以人形兵器MP5和iris团长的视角展开，讲述了战争结束后，MP5如何接受自己的过去并勇敢地继续生活下去的故事。

G3线：

主角在这条线中经历了种种磨难，但最终获得了成长和救赎。

这些剧情各自独立，但又相互交织，共同构成了IRIS这款游戏丰富而深刻的故事世界。