一、基因组与转录组分析

基因组浏览器

Genome Browsers ：提供基因组可视化功能，支持多种格式的基因组数据浏览。

UCSC Genome Browser：集成基因组注释信息，支持多物种基因组分析。

转录组分析平台

RNA-seq分析工具：

如 HISAT2（高效转录组比对）、 STAR（单细胞RNA-seq）等。

转录组比对工具：Bowtie2 、GATK （用于基因组比对和变异检测）。

差异表达分析

DAVID：

集成GO功能注释和KEGG通路富集分析，支持多种差异基因筛选方法。

KOBAS：基于KEGG的差异基因分析工具，提供可视化功能。

二、蛋白质组与代谢组分析

蛋白质结构分析

Protein Structure Prediction：

如 Rosalind（二级结构预测）、 AlphaFold（深度学习模型）。

BLAST：序列比对工具，辅助蛋白质功能注释。

代谢组分析

MetaboAnalyst：

用于代谢物组数据的统计分析和可视化。

三、数据预处理与工具

序列分析工具

BLAST：

基础序列比对工具，支持多种数据库查询。

Meme Suite：包含 motif 分析、序列比对等模块。

数据管理平台

Vector NTI Suite：

集成核酸蛋白分析、基因组编辑等功能，支持多格式数据管理。

四、其他专用工具

ChIP-seq分析：MACS （矩阵分析工具包）、Minimap2 （用于定位染色质相互作用位点）。

单细胞分析：scRNA-seq专用工具 如 Seurat （数据降维与可视化）。

五、在线分析平台

NCBI工具：如 GOplot（GO功能富集图绘制）、 KEGG（通路分析）。

SAP HPC平台：提供大规模基因组测序数据分析服务。

选择建议

基因组/转录组分析优先考虑 HISAT2、 STAR；

蛋白质结构分析推荐 AlphaFold；

差异表达分析结合 DAVID和 KOBAS；

实时数据需求可考虑云平台如 SAP HPC。以上工具覆盖了生物信息学的主要分析方向，具体选择需根据研究需求和数据类型决定。