宏转录组分析涉及多种软件工具，它们各自具有不同的功能和适用场景。以下是一些主流的宏转录组分析软件：

HUMAnN

功能：专门用于宏基因组/宏转录组测序数据的物种分类分析和功能（代谢）分析。

开发团队：最早由Curtis Huttenhower团队开发，针对HMP项目。

版本：已迭代三个大版本。

Github主页：[HUMAnN Github](https://github.com/biobakery/humann)。

DiTing

功能：根据宏组学测序数据推断和比较生物地球化学途径。

开发团队：基于KEGG数据库及手动创建的DMSP循环基因数据库。

特点：包括11种循环、近100种生物地球化学途径的特定公式来计算各途径的相对丰度。

MetaQUAST

功能：宏基因组分析中常用软件之一，用于质量控制、比对和基因注释。

开发者：Nicola Segata团队。

Prokka

功能：宏基因组分析中常用软件之一，用于转录组数据的比对和基因注释。

开发者：Nicola Segata团队。

Salmon

功能：宏基因组分析中常用软件之一，用于定量转录组数据。

开发者：Nicola Segata团队。

LEfSe

功能：用于发现与组相关的特征（如微生物群落中的功能基因）。

开发者：Nicola Segata团队。

MetaPhlAn2

功能：用于物种鉴定和基因家族丰度估计。

开发者：Nicola Segata团队。

GraPhlAn

功能：用于可视化微生物群落组成和基因家族丰度。

开发者：Nicola Segata团队。

Hisat2

功能：用于转录组数据的比对。

特点：与STAR相比，在实际使用过程中对结果影响及耗时区别不大。

STAR

功能：用于转录组数据的比对。

特点：与Hisat2相比，在实际使用过程中对结果影响及耗时区别不大。

Seurat

功能：单细胞转录组数据分析软件。

特点：R包，广泛应用于单细胞测序文章，有详细的在线教程。

这些软件工具在宏转录组分析中发挥着重要作用，涵盖了从数据比对、基因注释到功能代谢分析等多个方面。根据具体研究需求和数据类型，可以选择合适的软件工具进行宏转录组分析。