根据教育部公布的第四轮学科评估结果，国内软件工程专业最好的大学如下：

北京航空航天大学

浙江大学

国防科技大学

这三所大学均被教育部评为A+，其软件工程专业的综合教学实力并列全国第一，远超清华北大这两所顶尖学府。

此外，软件工程专业综合实力强大的学校还有：

北京大学

清华大学

华东师范大学

南京大学

武汉大学

这些学校均拥有雄厚的师资力量、先进的教学设施和丰富的科研资源，在软件工程专业的教学与研究方面处于领先地位。

建议：

北京航空航天大学、 浙江大学和 国防科技大学是软件工程专业的顶尖学府，适合希望在该领域深造的学生。

北京大学和 清华大学虽然综合实力强大，但在软件工程专业的具体排名中略逊于北京航空航天大学和浙江大学。

华东师范大学、 南京大学和 武汉大学也是软件工程专业的重要学府，各有特色和优势。

希望这些信息对你有所帮助。