在福建省，企业可以通过以下几种方式进行资质申报：

福建省建设工程在线审批系统

可以在线办理建筑工程资质及施工图审查等业务。

申请乙级建筑资质需要登录系统，选择“申报业务”，填写相关信息并提交申请。

福建省住房和城乡建设行政审批平台

企业通过CA证书登录该平台，填报企业信息，提交申请材料扫描件或照片，并加盖企业电子印章后提交申请。

第三方软件

资质申报软件：提供模板框架，自动转换文档格式，方便申报与上传，并具备企业管理的REP集成系统功能。

建议企业根据自身需求和实际情况选择合适的软件工具进行资质申报，以确保申报过程的高效和顺利。