一个软件系统通常包括以下器官：

程序：

程序是按照事先设计的功能和性能要求执行的指令序列。它是软件系统的核心部分，负责实现特定功能。

数据：

数据是使程序能够正常、正确操纵信息的设计结构。数据包括程序运行过程中所需的各种信息，如输入数据、中间结果和输出数据等。

文档：

文档是与程序的开发、维护和使用有关的图文资料。文档包括系统文档、用户手册、API文档等，帮助用户理解和使用软件系统。

软件架构：

软件架构是软件系统的骨架结构，定义了系统的组织、组件、接口和其他属性。它决定了系统的质量属性，如性能、可维护性、可扩展性和安全性等。

模块/组件：

模块或组件是软件架构中的子部分，每个组件都有其特定的功能和作用，共同构成了系统的各个部分。

操作系统：

操作系统是计算机软件系统的核心组件之一，负责管理计算机的资源和运行其他程序。常见的操作系统包括Windows、Linux和UNIX等。

系统软件：

系统软件包括操作系统、驱动程序和实用工具等，它们负责管理计算机硬件资源和提供基本的运行环境。

应用软件：

应用软件满足特定需求，如文字处理、游戏、科学计算等。它是用户直接使用的软件，用于执行各种任务。

开发工具：

开发工具用于开发新软件，包括编程语言、集成开发环境（IDE）、调试器等。它们帮助开发人员更高效地编写、测试和维护软件。

综上所述，一个完整的软件系统包括程序、数据、文档、软件架构、模块/组件、操作系统、系统软件、应用软件和开发工具等多个部分。这些部分共同协作，使得软件系统能够高效、稳定地运行，满足用户的需求。