软件转包在处理问题时需要遵循以下步骤和原则：

合法性审查

禁止转包：根据《建筑法》和相关法律法规，软件合同一旦签署，即属于承揽合同的范畴，未经发包人书面许可，禁止进行任何形式的转包。

法律责任：擅自转包的，相关政府机关有权没收违法所得，并处以罚款；情节严重的，执法机构可能吊销资质证书。

合同条款

违约责任：如果合同中明确规定禁止转包，但转包行为仍发生，转包方需承担违约责任，包括支付违约金和赔偿损失。

合同解除：若转包行为对合同目的的实现产生重大影响，非违约方有权解除合同，并要求返还已履行的利益。

处理措施

停止施工：尚未施工完毕但合同被确认无效的，应当停止施工，并根据已完成的工程量进行结算。

赔偿损失：若因转包导致工程不符合质量标准，承包单位需与接受转包方共同承担连带赔偿责任。

行政处罚：行政监管部门可以对违法转包行为实施行政处罚，包括没收非法所得、罚款、责令停业整顿、降低资质等级，甚至吊销资质证书。

法律途径

民事诉讼：受损害方可以通过民事诉讼途径，向法院提出诉讼请求，要求法院判决转包方承担相应的法律责任。

行政投诉：受损方可以向有关行政部门投诉，要求对转包行为进行调查和处理。

建议：

严格审查合同条款：在签订软件开发合同时，应明确规定禁止转包，并详细规定违约责任和合同解除条件。

加强项目管理：项目管理人员应密切监控项目进度和质量，及时发现和制止转包行为。

法律咨询：在遇到转包问题时，应及时咨询专业律师，了解相关法律法规和合同条款，采取合法措施维护自身权益。