软件企业考核分公司时，可以采取以下几种方法和指标：

制定考核指标体系

资产利用率：反映分公司的资产利用程度。

营业收入：反映分公司的业务规模。

利润总额：反映分公司的盈利状况。

客户满意度：反映分公司在客户心目中的形象和服务质量。

员工满意度：反映分公司的企业文化和员工福利待遇。

绩效考核：反映分公司的绩效和管理水平。

实施考核机制

考核周期：每年进行一次，对上一年度的业绩进行考核。

考核组成人员：由总部、分公司和第三方机构组成，人员具有相关专业知识和业务背景。

考核标准：按照考核指标体系进行评估，对各分公司的业绩进行打分。

考核方式：实行不同等级的考核机制，按照成绩对分公司进行评级，并制定相应的奖惩措施。

激励机制设计

奖励机制：为分公司员工开展业务拓展、客户服务和建设创新等提供奖励。

年度卓越奖：对业绩优秀的分公司进行表彰，增强分公司集体荣誉感和凝聚力。

优惠政策和支持：向业绩优秀的分公司提供优惠政策和支持，鼓励他们继续发挥优秀的业务和管理水平。

市场份额

将公司设定的销售目标分配给分公司，根据各个分公司的销售额计算市场份额，并对每个分公司的市场份额进行排名和评估。

客户满意度

定期对分公司的客户进行调查，了解他们的需求和意见，并根据调查结果对各个分公司的客户满意度进行排名和评估。

营销能力

根据分公司提供的营销数据对其进行评估，深入了解分公司的营销策略和团队，进行更全面的评估。

目标管理制度

将公司的战略目标分解为各分公司、分公司各部门的年度及季（月）度目标，进而对关键指标（KPI）的完成情况进行考核，并依据考核结果对分公司各个级别员工进行激励。

合规考核

包括分公司的合规经营、法律风险和风险管理等方面，确保分公司的合规经营。

这些方法和指标可以根据不同分公司的业务特点和业绩情况进行调整和优化，以确保考核的科学性、全面性和代表性。同时，通过激励机制设计，可以鼓励分公司员工积极拓展业务和创新，从而提高整个公司的竞争力和业绩。