软件保证三维模型正确性的方法主要包括以下几个方面：

工程数据库检查

三维设计软件通常有一个数据库支持，工程设计以项目等级库为基础进行模型搭建。模型中管件的工程数据和几何数据均由等级库进行控制，因此项目等级库的结构及数据准确性是三维模型和成品文件质量的关键。

三维模型检查

在三维设计模式下，需要对三维模型进行多方面的检查，包括碰撞检查、模型审查意见等，这些检查结果也会反映到三维模型中，以确保模型的正确性。

编号检查

对模型中的各个元素进行编号，确保每个元素的编号准确无误，这有助于在后续的审查校核过程中快速定位和解决问题。

图面质量控制

在从模型生成图纸时，图面质量成为重点。需要确保图纸的准确性和完整性，包括轴测图、平面图和材料汇总等，这些都由软件通过模型自动完成。

等级库的建立和检查

由于项目等级库数据量大、种类繁多，一般采用以下几种方法来生成等级库：

根据行业或者公司的等级标准，建立一套公司标准等级库，在项目使用时只需根据工艺条件直接从等级标准库中调用。

应用材料管理软件如MARIVPRM等管理系统，生成相应的等级数据库，然后导入到三维软件中。

通过以上方法，软件可以在三维设计模式下对工程设计质量进行有效控制，从而保证三维模型的正确性。这些方法涵盖了从数据库到模型构建、审查校核以及图纸生成的整个流程，确保了项目设计的质量和可靠性。