Tophat是一款 基于Bowtie2的RNA-seq比对软件，主要用于寻找基因的剪切点（splice junction）。它的工作流程包括两个步骤：首先，将reads用Bowtie或Bowtie2比对到参考基因组上；其次，将未比对上的reads打断成更小的fragments，再次比对到参考基因组上，如果比对成功，则建立剪切点。

Tophat适用于处理RNA-seq数据，能够识别外显子之间的结合位点，是基因表达分析和RNA剪接研究中的关键工具。用户可以通过命令行界面使用Tophat，它支持Linux x86_64平台，并提供了相应的安装和使用指南。

此外，Tophat还涉及到教育技术领域，有一家公司名为Top Hat，它提供互动教科书、课程幻灯片、测验和作业等教学工具，帮助学生进行课前、课中和课后的学习。但需要注意的是，这个教育科技公司Top Hat与RNA-seq比对软件Tophat是不同的实体，与软件本身无直接关联。