软件著作权的管理主要由国家版权局及其下属的中国版权保护中心负责。国家版权局是软件著作权登记的主管机关，负责全国范围内的软件著作权登记管理工作，并认定中国版权保护中心为软件登记机构。中国版权保护中心则具体承担软件登记的相关工作，包括登记、审查、保护等。

对于公安软件，由于其专业性较强，通常归口由网监部门管理。网监部门负责监督和管理各部门使用和应用的软件，涉密软件则由办公室（保密办）管理。

在企业管理层面，ERP等软件系统通常归信息技术部门（IT部门）管理，该部门负责系统的实施、维护、日常使用和流程优化等工作。

综上所述，软件著作权的管理主要由国家版权局和中国版权保护中心负责，公安软件由网监部门管理，而企业内部的ERP等软件系统则由信息技术部门管理。