医药公司使用的软件可以分为以下几类：

传统桌面财务软件

这类软件通常是桌面应用程序，功能完善，适用于完成资产管理、税收管理、财务报表制作和财务报告等任务。然而，它们的使用不够方便，且在新增模块或报表制作时耗时较长。

现代财务自动化软件

包括Access Dimensions、NetSuite ERP和Sage Intacct等。这些软件可以根据医药公司的不同需求提供专门的模块，如费用记录、供应商和客户管理以及财务报表生成等，有效管理企业财务流程，提高财务效率。

专用财务管理软件

好会计：由畅捷通公司开发，易于使用，具备全面、专业、统一的财务管理服务，适用于医用组织器官材料行业等。它提供了财务核算、财务分析、税务管理等多个模块，特别适合代理记账公司和财务管理部门。

用友畅捷通：用友集团的成员企业，专为医药企业设计，具备账务处理、成本核算、预算控制等多个模块，能够实现财务信息与业务流程的紧密集成，提高工作效率，并确保业务的合法合规性。

医药行业专用ERP系统

SAP ERP系统：全球领先的企业资源计划软件，广泛应用于医药行业，能够整合和管理企业的各个业务模块，如财务、人力资源、生产、采购、销售和客户关系管理等，提高运营效率。

简道云：灵活且高度可定制的ERP系统，特别适合医药公司这种需要严格遵守法规和注重数据准确性的行业。它能够实现采购、销售、库存等业务的自动化，并通过强大的数据分析功能为企业决策提供支持。

医药CRM软件

简道云：功能强大的工具，支持无代码开发，可以快速搭建符合医药行业需求的CRM系统，涵盖客户关系管理、销售管理、市场营销等多个方面。

Salesforce Health Cloud：专为医疗和医药行业设计，具有高度的定制化和强大的数据分析功能，支持从患者管理到医药销售的全方位业务需求。

其他医药管理软件

医药管理软件：集进、销、存、财务以及会员一体化专业药店管理软件，操作简单、管理方便。

生产医药用品的软件：包括ERP系统、LIMS系统、MES系统、质量管理软件（QMS）、供应链管理软件（SCM）等，用于整合和管理企业的各个业务模块，提高运营效率和质量。

建议

医药公司在选择软件时，应根据自身的规模、业务需求和行业特点进行综合考虑。对于需要高度自动化和合规性的企业，可以选择现代的财务自动化软件和专用财务管理软件。对于需要整合多方面业务流程的企业，ERP系统和医药行业专用ERP系统是理想的选择。此外，医药CRM软件可以帮助企业更好地管理客户关系和销售流程。