软件公司在选择税种时，需要遵循以下步骤和原则：

确定纳税人身份

一般纳税人：可以开具增值税专用发票，适用税率为13%（销售自行开发生产的软件产品）或6%（提供软件技术服务）。

小规模纳税人：适用税率为3%，但可以享受增值税即征即退政策，退还比例通常为实际缴纳增值税额的70%左右。

主要税种及税率

增值税：

销售自行开发生产的软件产品：一般纳税人适用13%的税率，小规模纳税人适用3%的税率，超过3%的部分即征即退。

提供软件技术服务：一般纳税人适用6%的税率。

企业所得税：

法定税率25%，但根据企业类型和优惠政策可能有所不同。高新技术企业适用15%的税率，小型微利企业适用20%的税率，国家规划布局内重点软件企业适用10%的税率，自获利年起可能享受两免三减半政策。

附加税：

城建税：根据纳税人所在地的不同，税率可能为7%、5%或1%。

教育费附加和地方教育费附加：通常按照增值税的一定比例缴纳，例如教育费附加为3%，地方教育费附加为2%。

印花税：

在签订合同时涉及，具体税率根据合同类型和金额有所不同。

房产税：

自有房屋需要交纳房产税，通常是房屋原值的70%乘以1.2%。

车船税：

根据车辆和船只情况缴纳，具体税额根据各地规定。

个人所得税：

企业需要代扣代缴员工的个人所得税，包括工资、奖金等。

税收优惠政策

软件企业可以享受增值税超税负部分即征即退政策。

高新技术企业、小型微利企业、国家规划布局内重点软件企业等可能享有税率优惠。

研发费用加计扣除政策可以降低企业的应纳税所得额。

申报与缴纳

软件公司需根据具体情况进行申报缴纳，确保准确合规地缴纳税款。建议咨询专业的税务顾问或当地税务部门，以获取最新的税法规定和具体的操作指导。

综上所述，软件公司在选择税种时，应根据自身的业务类型、纳税人身份以及适用的税收优惠政策来确定具体的税种和税率，并确保及时、准确地完成税务申报和缴纳工作。