当贷款软件显示贷款申请不通过时，通常会有以下几种方式通知用户：

短信通知：

很多贷款机构会通过短信的方式通知用户贷款申请的结果。无论是通过还是未通过，都会收到相应的短信提醒。

应用内消息：

贷款软件本身也会在应用内发送消息通知用户申请结果。例如，借呗会在支付宝的“我的”页面展示申请状态，并发送消息提醒用户“申请不通过”。

银行卡余额：

有些贷款机构会在贷款资金到账后，通过短信或应用内通知用户，用户也可以直接查看银行卡余额来确认贷款是否通过。

客服咨询：

如果用户对贷款结果有疑问，可以直接联系贷款机构的客服进行咨询，了解具体的未通过原因。

应用内提示：

在贷款软件的应用内，用户通常可以看到关于贷款申请状态的详细提示，例如“未能审批通过”或“放款失败”等提示信息。

综上所述，贷款申请不通过时，用户可以通过多种方式得知结果，包括短信、应用内消息、银行卡余额变动、客服咨询以及应用内的提示信息。建议用户及时关注这些通知，并根据实际情况采取相应的措施。