在民事诉讼中，原告在起诉书中需要写明证据的名称及证据来源。对于软件著作权侵权案件，原告可以提供以下证据来证明其软件著作权的有效存在：

软件的目标程序和源程序：

这是证明软件著作权存在的直接证据。

软件文档：

包括用户手册、技术手册等，这些文档可以证明软件的原创性和所有权。

发表的证据：

如软件在期刊、会议或网站上发表的记录，这些可以证明软件的公开时间和所有权。

受让或者继承的证明：

如果软件是通过受让或继承获得的，可以提供相关转让或继承文件作为证据。

软件登记证书：

如软件著作权登记证书，这是证明软件著作权已经正式登记的法律文件。

在起诉状中，原告需要详细填写证据一栏，注明证据的种类（如电子数据）和证据名称（如软件目标程序），并在证据来源栏中说明这些证据是如何获得的（如自己保存、他人提供或从某个机构获取）。

建议原告在准备起诉材料时，详细收集和整理上述证据，并在起诉书中清晰、准确地填写证据名称及证据来源，以便法院能够有效审查原告的证据，并作出公正的判决。