修改软件版权的流程如下：

填写申请表

申请人需要按照要求填写软件著作权变更或者补充申请表。

提交申请材料

提交登记证书或者证明的复印件。

提供有关变更或者补充的材料。

如果涉及到修改软件名称，还需要提供软件名称变更的补充材料。

缴纳申请费

根据要求缴纳软件著作权变更申请费。

登记机构受理申请

提交完整的申请材料后，登记机构会受理申请。

补正申请文件 （非必须程序）：

如果申请文件存在缺陷，申请人或代理人应在规定期限内补正。

取得证明

申请受理之日起10个工作日后，申请人或代理人可以查阅软件登记事项变更或补充登记公告，并领取新的软件著作权证书。

注意事项：

修改软件版权前，建议先进行软件登记概况查询，以确保变更内容的准确性和合法性。

如果软件已经加壳，修改版权可能会变得更加复杂，甚至可能无法修改。因此，在修改版权前，请确认软件是否加壳。

如果涉及到修改或翻译他人软件的版权，还需要取得相关授权书。

代理服务：

如果申请人希望快速拿到新的软件著作权证书，可以考虑找代理服务。代理服务可以帮助申请人把控源码和材料，提高通过率，并且可以加快办理速度。

通过以上流程，您可以顺利完成软件版权的修改。建议在操作过程中，确保所有提交的材料真实有效，并遵循相关法律法规，以保护自己的合法权益。